Il est en charge de la prophylaxie chez les bovins, caprins, ovins et peut émettre un avis sur la salubrité des locaux.

Code rural Article R221-9 « Toute personne qui élève ou détient soit des animaux de rente, domestiques ou sauvages, soit des animaux de compagnie assujettis à des mesures de prophylaxie collective doit désigner et faire connaître au préfet du département où est situé son exploitation ou son établissement le vétérinaire sanitaire qu’elle habilite à pratiquer, pour chaque espèce animale qu’elle possède ou détient, les opérations de prophylaxie collective et de police sanitaire. Il lui est toutefois possible de désigner, sans autre précision, l’ensemble des vétérinaires sanitaires exerçant au sein d’une même structure juridique enregistrée par l’ordre des vétérinaires. »
Code rural article L214-16 Le vétérinaire sanitaire, au cas où il trouve les locaux insalubres pour les animaux domestiques et les animaux sauvages apprivoisés ou tenus en captivité, indique les mesures à prendre ; en cas d’inexécution, il adresse au maire et au préfet un rapport dans lequel il fait connaître les mesures de désinfection et de nettoyage qu’il a recommandées et qu’il juge utiles pour y remédier.Le préfet peut ordonner aux frais de qui de droit, et dans un délai qu’il détermine, l’exécution de ces mesures. En cas d’urgence, le maire peut prescrire des mesures provisoires. »
Il informe les autorités en cas de danger grave pour les animaux .
Code rural Article L203-6 « Sans préjudice des autres obligations déclaratives que leur impose le présent livre, les vétérinaires sanitaires informent sans délai l’autorité administrative des manquements à la réglementation relative à la santé publique vétérinaire qu’ils constatent dans les lieux au sein desquels ils exercent leurs missions si ces manquements sont susceptibles de présenter un danger grave pour les personnes ou les animaux. »